Initiativtagare till Gunnes gård var Stockholms Läns Museum. Idén tog form i samband med utgivningen av boken "Upplands Väsby, kulturhistoriska miljöer" 1988. I den presenteras Smedbyparken som en av Väsbys kulturhistoriskt intressanta miljöer. Smedbyparken är ett närströvområde, rikt på fornlämningar. En rekonstruktion av en vikingatida gård mitt bland fornlämningarna blev resultatet av idén. Att synliggöra, vårda och bevara fornlämningarna är en viktig del av Gunnes gårds verksamhet. 1988 inleddes ett samarbete mellan Upplands Väsby kommun och Stockholms Läns Museum som redan 1989 resulterade i uppbyggnaden av Gunnes gård.
Rekonstruktion Gunnes gård är en rekonstruktion av en vikingatida gård. Tolkningar av arkeologiska utgrävningar i Pollista utanför Bålsta har varit underlag för rekonstruktionen. De första rekonstruktionerna är gjord av Eje Arén, Halmtäckaren AB, i diskussion med Kenneth Svensson på Riksantikvarieämbetet som ledde grävningarna i Pollista. Det senaste huset, grophuset, är byggt genom ett samarbete med Stockholms universitet, där arkeolog Magnus Sjöholm har varit ansvarig för byggnationen. Rekonstruktionen består av fem byggnader - boningshus, fähus, kokhus, grophus och ett förråd.
Samarbetet med Stockholms Läns Museum Under hela uppbyggnads och utvecklingsarbetet av Gunnes gård och utställning har Stockholms Läns Museum varit oumbärliga, inte minst i diskussionerna kring rekonstruktionen. Museets främsta roll är att bistå med kompetens så att verksamheten hela tiden bibehåller sin trovärdighet. Mellan Upplands Väsby kommun och Stockholms Läns museum finns ett samarbetsavtal.
Drift och verksamhet Gunnes gård drivs och finansieras av Upplands Väsby kommun. Gården fungerar som ett friluftsmuseum med tillhörande djurhagar. En stor del av verksamheten riktar sig till skolan, med tidsresor eller visningar.